Kehadiran STAI Al-Yasini pada awalnya di dorong oleh keinginan luhur dan panggilan tanggung jawab moral pengurus Yayasan Pondok Pesantren Terpadu Miftahul Ulum Al-Yasini , pertama, Melihat perkembangan para santri khususnya di Pondok Pesantren Terpadu Miftahul Ulum Al-Yasini tahun demi tahun yang selalu bertambah dan berkembang disamping memperhatikan kecenderungan kuat bagi lulusan Madrasyah Aliyah Negeri, SMKN, dan SMA di lingkungan Pondok Pesantren Terpadu Miftahul Ulum Al-Yasini maupun kecenderungan wilayah basis in-pout ( Kec. Kraton, Kec. Wonorejo, Kec. Tutur, Kec. Kejayan, Kec. Pandaan, Kec. Sukorejo, Kec. Bangil dan Kec. Pohjentrek dll), yang berminat melanjutkan studi lanjutan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi baik Perguruan Tinggi Negeri (PTN) maupun Perguruan Tinggi Swasta (PTS) terutama keperguruan tinggi agama seperti IAIN, UIN, STAIN dan perguruan tinggi yang berbasis agama lainnya. Kedua, Tingkat kesadaran masyarakat dalam melanjutkan studi ke perguruan tinggi masih dihadapkan pada persoalan yang cukup serius yakni tingkat dan pendapatan ekonomi orang tua rata-rata relatif rendah.
Bertitik tolak pada kondisi obyektif itulah, maka Majelis Pengasuh dan Dewan Pengurus Yayasan Pondok Pesantren Terpadu Miftahul Ulum Al-Yasini telah berhasil mewujudkan keinginan yang kuat dalam mendirikan perguruan tinggi STAI Al-Yasini program Strata Satu (S-1) dengan Program Studi Hukum Hukum Ekonomi Syari’ah (mu’amalah), Pendidikan Bahasa Arab, dan Manajemen Pendidikan Islam. Program studi HES ini berdiri pada Tahun 2012 dengan surat keputusan (SK) izin penyelenggaraan Program Studi Nomor: Dj.I/149/2012/27 Januari 2012 Pendirian dan pembukaan STAI Al-Yasini program Strata Satu (S-1) dengan Hukum Ekonomi Syariah (mu’amalah) dan Program Studi Pendidikan Bahasa Arab, ternyata tidak cukup untuk memberikan sebuah layanan pendidikan kepada masyarakat, sehingga sebagian besar masyarakat banyak yang menghendaki Program Studi Manajemen Pendidikan Islam untuk di buka di STAI Al-Yasini. Dengan harapan dapat menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi sesuai dengan bidangnya, sehingga mereka siap mengamalkan ilmu yang mereka miliki.

Visi:

Menjadi Program Studi HES yang Unggul, Religius, dan kompetitif sebagai Pusat Kajian Keislaman Transformatif berbasis pesantren tingkat nasional pada tahun 2039

Misi:

1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran berumutu unggul dalam rangka peningkatan mutu lulusan;
2. Menyelenggarakan penelitian dan publikasi ilmiah yang bertaraf nasional dan internasional sehingga mendorong munculnya budaya ilmiah di kalangan civitas akademika STAI Al-Yasini;
3. Menyelenggarakan program kemitraan strategis dengan stakeholders ekternal dalam rangka pengabdian kepada masyarakat yang berkualitas dan profesional.
4. Menjalankan organisasi dan tata pamong sarjana melalui Implementasi Penjaminan Mutu Internal STAI Al-Yasini;